Politický dopad atentátu byl zásadní. Úspěšná likvidace Heydricha výrazně posílila postavení československé exilové vlády v Londýně, protože spojencům ukázala, že Češi aktivně bojují proti nacismu. Díky tomu, spojenci oficiálně zrušily platnost Mnichovské dohody, což bylo klíčové pro budoucí obnovu Československa. Zároveň tato akce ukázala, že český národ aktivně bojuje proti okupaci a domácí odboj je ochoten nést extrémní rizika.
Vojenský dopad byl spíše nepřímý, ale přesto významný. Odstranění tak vysokého nacistického představitele narušilo řízení represí v Protektorátu a ukázalo, že speciální jednotky vycvičené v zahraničí mohou zasáhnout i v silně střežené oblasti. Operace zároveň potvrdila, že československé výsadkové akce mohou být účinné, a stala se inspirací pro další odbojové aktivity. I když následovala brutální odveta, z vojenského hlediska atentát prokázal, že okupant není nedotknutelný.
Dnes se operace Anthropoid připomíná mnoha způsoby. Krypta v Resslově ulici slouží jako národní památník. V Praze-Libni stojí památník na místě atentátu. Každoročně se konají pietní akce. Téma je také častým námětem filmů, knih a výstav. Událost je dodnes vnímána jako symbol odvahy, oběti a odporu proti totalitě.